A program egy szakmai protokoll szerint zajlik. Az állat asszisztált terápia során egy célorientált beavatkozásról beszélünk, ami azt jelenti, hogy előre kitűzött célok alapján szerveződik a foglalkozás programja. Ezeken a foglalkozásokon a törvény által szabályozott kritériumoknak kell megfelelnie a négylábúaknak.  A gyerekek a terápiás csapat segítségével alakíthatják ki a kapcsolatot az állattal. A hatékony terápiás munkához megfelelő terápiás team munka szükséges.

A Pöttömke és Katicában a terápiás gárda tagjait egy kutya kiképző: Szabó-Balla Anita és terápiás vizsgával rendelkező border colie-ja Cross és foglalkozásvezetőnk alkotja. 

A terápia akkor érheti el a kívánt hatást, a célt, ha a terápiában résztvevő személy is nyitott a kutyával való kapcsoltara. Nagyon fontos, hogy ezt a kapcsolatot teljesen az alapokról kell felépíteni, nem szabad erőltetni, mert a súlyosan sérült, frusztrált gyermekek könnyen bezárnak, ugyanakkor nehezen nyílnak ki számunkra. A közös játék öröme lazíthat a frusztráción, elősegíti a jó hangulatot, és képessé teszi a gyermeket bármely tevékenységre.

Megfigyelhető, hogy a foglalkozásokon résztvevő gyermekek szívfrekvenciája csökken, vérnyomása normalizálódik.  A légzésük erőteljesebbé és szabályossá válik. Az állatokkal való interakció során az ellazult izomzat miatt kontrolláltabbá válik az egész mozgás. A foglalkozás hatására endorfin, azaz boldogsághormon szabadul fel, ami a fájdalomérzetet is csökkenti. Az állattal való kapcsolattartás a megismerő funkciókat is fejlesztik. A figyelem, a problémamegoldó gondolkodás, vagy az emlékezet elengedhetetlen ezekben a helyzetekben. Az állattal a kapcsolatteremtés és a kommunikáció is könnyebb.